研究所（室）是学校从事科学研究的重要组织，研究所（室）负责人是组织科研管理、队伍建设和科技创新的骨干力量，充分发挥研究所（室）负责人的作用，对于做好我校的科研工作具有重要意义。参照济宁医学院《关于重点学科和重点实验室建设的管理办法》,各院、系、部认真组织了各研究所（室）负责人的考察和推荐工作。经院长办公会研究同意，现就各院、系、部研究所（室）负责人聘任人选予以公布，聘期三年。
济宁医学院研究所（室）设置及负责人名单
| 序号 | 机构名称 | 负责人 | 申报部门 | 批准部门 |
| 1 | 山东省行为医学教育研究所 | 所 长：杨志寅 | 精神卫生学院 | 省教育厅 |
| 2 | 职业卫生与环境医学研究所 | 所 长：张春之 | 公共卫生学院 | 省教育厅 |
| 3 | 科学学与知识产权研究室 | 主 任：胡修周 | 信息工程学院 | 省教育厅 |
| 4 | 免疫学与分子医学研究所 | 所 长：司传平 副所长：付 嘉 戴 军 | 基础学院 | 省教育厅 |
| 5 | 神经病学研究室 | 主 任：张爱梅 | 附院 | 省教育厅 |
| 6 | 医院管理研究所 | 所 长：武广华 副所长：李 敏 刘义成 靳清汉 胡文杰 朱志忠 张 伟 李 彬 | 管理学院 | 学 院 |
| 7 | 高等教育研究所 | 所 长：高哲学 副所长：司传平 | 教务处 | 学 院 |
| 8 | 哲学社会科学研究所 | 所 长：姜继玉 副所长：王传军 兰迎春 | 宣传部 | 学 院 |
| 9 | 神经生物学研究所 | 所 长：陈 京 副所长：刘文彦 | 基础学院 | 学 院 |
| 10 | 肿瘤病理学研究所 | 所 长：崔 文 副所长：王 旭 | 基础学院 | 学 院 |
| 11 | 血液流变学研究室 | 主 任：王立赞 | 基础学院 | 学 院 |
| 12 | 病原生物学研究室 | 主 任：吕厚东 | 基础学院 | 学 院 |
| 13 | 药理毒理研究室 | 主 任：辛 勤 | 基础学院 | 学 院 |
| 14 | 疼痛研究室 | 主 任：徐旭东 副主任：程葆华 | 基础学院 | 学 院 |
| 15 | 分子生物学研究室 | 主 任：张向阳 | 基础学院 | 学 院 |
| 16 | 寄生虫病研究室 | 主 任：李士根 副主任：谭文斌 | 基础学院 | 学 院 |
| 17 | 心血管病研究室 | 主 任：李清贤 副主任：张金国 刘立新 | 附院 | 学 院 |
| 18 | 肝胆外科研究室 | 主 任：温新元 | 附院 | 学 院 |
| 19 | 血管外科研究所 | 主 任：马黎明 副主任：乔延礼 | 附院 | 学 院 |
| 20 | 实验外科研究室 | 主 任：祝海洲 | 临床学院 | 学 院 |
| 21 | 诊断学研究所 | 所 长：杨志寅 | 临床学院 | 学 院 |
| 22 | 行为医学研究所 | 所 长：李功迎 | 精神卫生学院 | 学 院 |
| 23 | 精神卫生研究所 | 所 长：刘传新 | 精神卫生学院 | 学 院 |
| 24 | 心理学研究所 | 主 任：吉 峰 | 精神卫生学院 | 学 院 |
| 25 | 生命科学实验中心 | 主 任：朱 军 | 科研处 | 学 院 |
| 26 | 药物化学与药物制剂研究所 | 所 长：王慧云 副所长：王其宝 李 伟 | 药学院 | 学 院 |
| 27 | 天然药物研究所 | 所 长：王 汀 副所长：王建安 | 药学院 | 学 院 |
| 28 | 护理管理研究所 | 所 长：班 博 副所长：宋爱芹 刘鹏飞 | 护理学院 | 学 院 |